• 動植物關系組

• 古生態研究組

• 化學生態研究組

• 恢復生態學組

• 全球變化研究組

• 樹木年輪與環境演變研究組

• 土壤生態研究組

• 協同進化組

• 植物進化生態組

• 生態水文研究組

• 植物生理生態學研究組

• 生物地理與生態學研究組

• 生物信息研究組

• 植物分子生物學研究組

• 植物激素調控與環境適應性研究組

• 園藝植物育種研究組

• 植物功能基因研究組

• 營養免疫與功能性食品研究組

• 民族藥研究組

• 能源植物分子育種研究組

• 生物能源研究組

• 農林復合生態系統研究組

• 藥用植物栽培技術組

• 植物礦質營養研究組

• 生物多樣性研究組

• 動物行為與環境變化研究組

• 植物系統發育與保護研究組

• 瀕危植物遷地保護與再引種研究組

• 群落生態與保護研究組

• 支撐系統-標本與種質保存中心

• 宏觀進化研究組

• 景觀生態學研究組

• 植物多樣性與保護研究組